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实施股权激励的上市公司在2006年后都按照11号准则进行了会计处理。但是，对于股权激励的企业所得税处理问题，国家税务总局一直没有明确的规定。实际上，缺少对股权激励企业所得税处理的明确规定，上市公司对于股权激励的会计处理也是不完整的。会计和税法上对于股权激励的处理差异，会导致所得税会计的处理问题。由于税收政策上对于股权激励的处理规定一直不明确，上市公司无法对于股权激励无法按照《企业会计准则第18号—所得税》规定的原则进行所得税会计处理，从而导致披露的报表并不准确。
2012年5月23日，国家税务总局发布了《国家税务总局关于我国居民企业实行股权激励计划有关企业所得税处理问题的公告》(国家税务总局公告2012年第18号)，明确了我国对于股权激励企业所得税的处理原则。该公告规定：上市公司依照《管理办法》要求建立职工股权激励计划，并按我国企业会计准则的有关规定，在股权激励计划授予激励对象时，按照该股票的公允价格及数量，计算确定作为上市公司相关年度的成本或费用，作为换取激励对象提供服务的对价。上述企业建立的职工股权激励计划，其企业所得税的处理，按以下规定执行：
(一)对股权激励计划实行后立即可以行权的，上市公司可以根据实际行权时该股票的公允价格与激励对象实际行权支付价格的差额和数量，计算确定作为当年上市公司工资薪金支出，依照税法规定进行税前扣除。
(二)对股权激励计划实行后，需待一定服务年限或者达到规定业绩条件(以下简称等待期)方可行权的。上市公司等待期内会计上计算确认的相关成本费用，不得在对应年度计算缴纳企业所得税时扣除。在股权激励计划可行权后，上市公司方可根据该股票实际行权时的公允价格与当年激励对象实际行权支付价格的差额及数量，计算确定作为当年上市公司工资薪金支出，依照税法规定进行税前扣除。
(三)本条所指股票实际行权时的公允价格，以实际行权日该股票的收盘价格确定。
对照国家税务总局18号公告和《企业会计准则第11号—股份支付》，我们可以看出，税法和会计对于股权激励的处理存在着明显的差异：
根据《企业会计准则第11号—股份支付》的规定：除了立即可行权的股份支付外，无论权益结算的股份支付还是现金结算的股份支付，企业在授予日均不做会计处理。企业应当在等待期内的每个资产负债表日，将取得职工或其他方提供的服务计入成本费用，同时确认所有者权益或负债。对于附有市场条件的股份支付，只要职工满足了其他所有非市场条件，企业就应当确认已经取得的服务。
根据国家税务总局18号公告的规定，对于股权激励，在税收处理上，上市公司等待期内会计上计算确认的相关成本费用，在当期不能在计算企业所得税应纳税所得额是进行扣除。实施股权激励的企业，只有在股权激励计划可行权后，按照该股票实际行权时的公允价格(一般是实际行权日该股票收盘价)与当年激励对象实际行权支付价格的差额及数量，计算确定作为当年上市公司工资薪金支出，依照税法规定进行税前扣除。
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